L'Istituto per la Storia dell’Arte Lombarda viene costituito il 3 aprile 1967 nella sala presidenziale del Museo della Scienza e della Tecnica di Milano, dall’assemblea di studiosi Gilberto Martelli, Francesco Ogliari, Mario Mirabella Roberti, Maria Luisa Gatti Perer, Anna Bianchi Viliani e Giulio Garbelli, in presenza del notaio Cesare Bellotti.
Lo scopo dei fondatori era di creare uno strumento attivo di ricerca sistematica e coordinata sull'arte lombarda, per riportare alla luce l'effettiva importanza e incidenza della produzione figurativa e architettonica regionale nell'evoluzione della cultura artistica occidentale.
Fin dall’inizio la fondazione dell'ISAL viene accolta con la massima attenzione da parte degli esponenti dell'Amministrazione Pubblica: nel 1969 l’Istituto viene insignito della Medaglia d’oro di Benemerenza civica del Comune di Milano, che concede anche l'utilizzo a titolo gratuito di alcuni locali di Palazzo Reale in Piazza Duomo. Nel 1981 viene riconosciuto Ente Morale su proposta del Ministero dei Beni Culturali (D.P.R. n. 602 del 25 giugno 1981) e nel 1984 dichiarato dalla Regione Lombardia Ente di Interesse Regionale (Delibera di Giunta n. 46643 del 19 dicembre 1984).
Ulteriori riconoscimenti vengono conferiti dalla Soprintendenza Archivistica della Lombardia, che riconosce “di notevole interesse storico” l’Archivio dell’Istituto (27 giugno 1994) e l’archivio della rivista “Arte Lombarda” (29 gennaio 1996), fondata nel 1955 e organo istituzionale dell’ISAL dal 1990.
Il 9 febbraio 1999, l’Istituto diventa ufficialmente ONLUS (Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale), con lo scopo esclusivo di promuovere lo studio della storia dell’arte lombarda con finalità di solidarietà sociale, in collaborazione con le Università, le Associazioni, i Centri di Studio e Ricerca e gli organi competenti dello Stato, della Regione e degli altri Enti locali territoriali.
Nel 2003 la sede dell’Istituto viene spostata nell’ala neoclassica di Palazzo Arese Jacini a Cesano Maderno, presenza questa che si colloca nell’ambito di un più ampio progetto di riqualificazione dell’ambiente urbano volto a riscoprire e rivalutare le preziose testimonianze artistiche e i beni monumentali esistenti sul territorio lombardo.
Nell’arco degli oltre 50 anni della sua attività, ai vertici dell’Istituto si sono alternate numerose personalità di rilievo del panorama scientifico internazionale; da marzo 2008 le cariche di Presidente e Direttore Scientifico sono ricoperte, rispettivamente, dall’Ing. Diego Meroni e dalla Dott.ssa Maria Antonietta Crippa.
